تعنى هذه الوحدة بدراسة المياه السطحية والجوفية, ودراسة تنمية الوديان المنتشرة في المنطقة, ونلخص أبرز الدراسات الإستراتيجية التي تعنى بها هذه الوحدة على النحو الآتي:-

1- إعداد دليل نوعية مياه نهر الفرات بالتعاون مع الدول المتشاطئة على حوض الفرات (القطر العربي السوري والجارة تركيا) من أجل إقرار توزيع عادل لكميات المياه موزونة بنوعية المياه. إذ يتعرض النهر لتردي نوعية مياهه جراء تصريف الملوثات المختلفة, أو جراء الخزن في الخزانات السدود الممتدة على مجراه وما يترتب على ذلك الخزن من زيادة في تركيزه الملحي, مما يقلل من إنتاجية وحدة حجم المياه, الأمر الذي يتطلب وضع معايير متفق عليها للعلاقة بين الكمية والنوعية للمياه الواصلة إلى كل بلد من البلدان المتشاطئة على حوض الفرات.

2- يمتد نهر الفرات مسافة تربو على الأربعمئة كيلومتر من مدية القائم الواقعة على الحدود السورية إلى مدينة الفلوجة, ويجري بانحدارات مختلفة يمكن تقسيمها إلى انحدارين رئيسين عند منتصف امتداده في المنطقة في مدينة البغدادي على بعد مئتي كيلومتر عن القائم, الأول من مدينة القائم حتى البغدادي, اذ ينخفض منسوب مجرى النهر زهاء مئة متر, من منسوب 167 متراً قوق مستوى سطح البحر عند نقطة دخوله العراق في القائم, الى منسوب 70 متر جنوب شرق البغدادي. أما الانحدار الثاني والذي يمتد نحو مئتي كيلومتر أخرى من جنوب شرق مدينة هيت وحتى جنوب شرق الفلوجة فينخفض المنسوب نحو 20 متراً فقط.