يضم مركز دراسات الصحراء مجموعة من المختبرات البحثية والتي تساهم في تقديم خدماتها لباحثي المركز والجامعة وطلبة الدراسات الأولية والعليا والدوائر الحكومية في المحافظة من خلال إجراء التحاليل المتنوعة في مجالات التربة والمياه والنبات فضلاً عن الدراسات الخاصة بالأحياء المجهرية والزراعة النسيجية إضافة الى مختبر أبحاث الاستشعار عن بعد وبكادر علمي مختص.
