امانة مجلس الجامعة شعبة ترتبط إدارياً وفنياً برئيس الجامعة, وأمين مجلس الجامعة مسؤول امامه فقط، ويقوم بما يكلفه رئيس الجامعة اضافة إلى مهامه سواء بتقديم الاستشارات والدراسات وابداء الرأي في مختلف شؤون الجامعة واقسامها وانشطتها، وهي تتكون من وحدتين:
1. وحدة أمانة المجلس.
2. وحدة مجالس الكليات.
تتولى أمانة مجلس الجامعة المهام الاتية:
1. اصدار القرارات والتوجيهات مع الجهات ذات العلاقة.
2. اعداد محاضر مجلس الجامعة ورفعها لهيئة الراي لغرض المصادقة عليها.
3. تنفيذ توجيهات هيئة الراي.
4. تدقيق محاضر مجلس الكليات وتوثيقها حسب الصلاحيات والمهام، وعرضها على رئيس الجامعة للمصادقة عليها.
5. متابعة الكليات واقسام رئاسة الجامعة في تنفيذ قرارات مجلس الجامعة.